El 6 de enero de 1725 se funda la hermandad en la sala capitular del Convento de Nuestra Señora del Rosario, que antiguamente estaba situado en la calle Compás de Santo Domingo, para dar culto a la imagen de Jesús Nazareno, que poseía una gran devoción. La hermandad permaneció en dicho convento hasta el año 1836, año en el que la hermandad solo contaba con 8 hermanos y se encontraba al borde de la extinción, por lo que no se celebraba ningún culto. En 1837 la hermandad se traslada a la Parroquia San Pedro. Con el cambio de parroquia la hermandad prosperó rápidamente reuniendo en 1911 a más de 500 hermanos, siendo la procesión de la madrugada del Viernes Santo la que más devotos alumbrando acompañaban a la imagen del Señor en procesión después de la Virgen del Prado. A partir de 1915 se impuso a los hombres vestir túnica en la procesión. Por aquel entonces las mujeres no podían desfilar con túnica en la madrugada del Viernes Santo permitiéndoles solo alumbrar en la procesión organizada por la hermandad el Domingo de Pasión, domingo antes al Domingo de Ramos. Con el inicio de la guerra civil, la imagen de Jesús Nazareno fue destruida.
En 1941 se obtiene la actual imagen. La imagen de Jesús presidió el sermón de la Pasión en la Plaza Mayor la noche del Jueves Santo de 1956-1957, pronunciado por el Obispo prior Juan Hervás y Benet, a cuyo término se inició la procesión. En 1998 se añade como titular de la hermandad a María Santísima del Amparo en su Gracia y Esperanza. Sin embargo la hermandad aún no posee dicha imagen aunque su objetivo es hacerse con ella para acompañar a la imagen de Jesús Nazareno en procesión. La hermandad ha sufrido varios cambios de itinerario en la procesión del Domingo de Pasión y de horarios en la de la Semana Santa. La estación de penitencia de la hermandad tenía siempre lugar en la madrugada del Viernes Santo adelantándose a mediados de los años 90 a las diez de la noche del Jueves Santo. Desde hace algunos años la hermandad ha recuperado su horario tradicional desfilando procesionalmente a las 00:00 de la madrugada del Viernes Santo, siendo la única hermandad que procesiona completamente en silencio.
El paso de Jesús Nazareno fue portado sobre ruedas hasta 1990, año que se portó por primera vez a costal. Sin embargo en 1992 se cambió el sistema de porteo a dos hombros. Actualmente y desde el año 2001 el paso es portado a costal. Tras la Semana Santa de 2008 y ante las obras en la capilla de Jesús Nazareno en la Parroquia de San Pedro, la imagen del titular fue trasladada a la Catedral donde permaneció expuesta en la capilla de la Dolorosa de la Catedral junto a dicha imagen hasta que finalizaron las obras en la suya.
